2006年4月，苏州纳米所成立临时党小组；2007年1月，苏州纳米所成立党支部，同年10月，成立党总支。2009年10月，经中共苏州市委批复，苏州纳米所成立党委和纪委。
根据《中国共产党章程》和《中国科学院 江苏省人民政府 苏州市人民政府共建中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所备忘录》的有关要求，依据属地化管理原则，苏州纳米所党委接受地方党委和中科院党组、南京分院分党组的领导。
2010年5月12日，苏州纳米所召开第一次全体党员大会，选举产生了第一届党委委员和纪委委员。 2012年7月3日，苏州纳米所召开第三次全体党员大会，增选、补选了党委委员和纪委委员。
2015年8月19日，苏州纳米所召开第四次全体党员大会，选举产生了第二届党委委员和纪委委员。
2020年11月19日，苏州纳米所召开第六次全体党员大会，选举产生了第三届党委委员和纪委委员。